Eines Tages gerät die kleine Gemeinschaft durch den Absturz eines Kriegsschiffes im Tal in den Konflikt zweier feindlicher Mächte. Die Reiche von Pejitei und Torumekai kämpfen um einen wiederbelebten Feuertitan, mit dem sie hoffen, nicht nur die Macht über ihren Gegner zu erringen, sondern auch die feindliche Natur niederbrennen zu können. Nausicaä hingegen lebt im Einklang mit ihrer Umwelt. Sie erforscht die Pilzsporen und sieht selbst in den bedrohlichen Insekten keine Feinde, sondern gleichberechtigte Lebewesen. Als sie hinter das Geheimnis der Pilzwälder kommt, versucht sie alles, um die drohende endgültige Zerstörung der Welt zu verhindern.
Mit NAUSICAÄ gelang Miyazaki sowohl stilistisch als auch dramaturgisch etwas Neues. Zwar erreicht der Film in der Animation noch nicht die Perfektion der späteren Ghibli-Produktionen und ist noch nicht vollständig animiert, aber Miyazaki verzichtet auf viele der üblichen Techniken der Teilanimation und schafft so einen ersten Ausblick auf seine späteren komplett durch-animierten Filme. Dabei sind einzelne Sequenzen, wie der Kampf des Feuertitanen, schon brillant animiert. In der Dramaturgie fällt nicht nur die junge Heldin auf, die in allem das Gute und Böse zu sehen vermag und sich jeder Einseitigkeit widersetzt. Auch die übrigen Personen sind weitgehend frei von Stereotypen gezeichnet. So werden in dem komplexen und berührenden Heldenepos eine Vielzahl von Motiven und Merkmalen späterer Filme Miyazakis sichtbar.